La Universidad organiza sus unidades académicas por Departamentos. Éstos son responsables de las carreras y del dictado de las asignaturas o espacios curriculares de su especialidad dentro de cada carrera. Asimismo, cada carrera está a cargo de un Coordinador.
El Departamento de Ciencias Humanas y Sociales es responsable de la carrera de Licenciatura en Administración de Negocios, el Departamento de Ciencias de la Salud es responsable de las carreras de Licenciatura en Kinesiología y Fisiatría y de la Tecnicatura Universitaria en Instrumentación Quirúrgica, y el Departamento de Ciencias Aplicadas es responsable de la Tecnicatura Universitaria en Desarrollo Agropecuario.