El Consejo Superior ejerce con el/la Rector/a el gobierno de la Universidad Nacional del Alto Uruguay. Esta compuesto por integrantes de todos los claustros de la Institución. Los consejeros de los estamentos docentes son elegidos por un periodo de cuatro (4) años, y los consejeros del estamento estudiantil por un período de dos (2) años.
El Consejo Superior es presidido por el/la Rector/a, en su ausencia, por el/la Vicerrector/a,. La autoridad que preside el Consejo Superior tiene voz y sólo tendrá voto en caso de empate. Sus resoluciones se adoptan por mayoría simple de los miembros presentes, salvo en los casos que se exigiera una mayoría especial.
Posee atribuciones políticas, reglamentarias, de gestión y de control.
